Desenvolvimento e validação de técnica quantitativa de análise de imagem para avaliação do teste do cometa corado pela prata / Development and validation of a quantitative image analysis method to evaluate comet assay (silver staining)

INTRODUÇÃO: O ensaio do cometa ou técnica da eletroforese de células isoladas é largamente empregado para avaliação de danos e reparo do DNA em células individuais. O material pode ser corado por técnicas de fluorescência ou por sal de prata. Este último apresenta vantagens técnicas, como o tipo de microscópio utilizado e a possibilidade de armazenamento das lâminas. A análise dos cometas pode ser feita de modo visual, porém há a desvantagem da subjetividade dos resultados, que pode ser minimizada por análise digital automatizada. OBJETIVOS: Desenvolvimento e validação de método de análise digital de cometas corados por sal de prata. MÉTODOS: Cinquenta cometas foram fotografados de maneira padronizada e impressos em papel. Além de medidas manualmente, essas imagens foram classificadas em cinco categorias por três avaliadores, antes e depois de pré-processadas automaticamente pelo software ImageJ 1.38x. As estimativas geradas pelos avaliadores foram comparadas quanto sua correlação e reprodutibilidade. Em seguida, foram desenvolvidos algoritmos de análise digital das medidas, com base em filtros estatísticos de mediana e de mínimo. Os valores obtidos foram comparados com os estimados manual e visualmente após o pré-processamento. RESULTADOS: As medidas manuais das imagens pré-processadas apresentaram maior correlação intraclasse do que as imagens preliminares. Os parâmetros automatizados apresentaram alta correlação com as medidas manuais pré-processadas, sugerindo que este sistema aumenta a objetividade da análise, podendo ser utilizado na estimativa dos parâmetros dos cometas. CONCLUSÃO: A presente análise digital proposta para o teste do cometa corado pela prata mostrou-se factível e de melhor reprodutibilidade que a análise visual.

BACKGROUND: Comet assay or single cell gel electrophoresis is a useful and widely applied technique for the assessment of DNA damage and repair in individual cells. Nuclei can be stained with fluorescence methods or silver salts. The latter has technical advantages such as the type of microscope used and the possibility of slide storage. Comet analysis may be performed visually, however, there is the disadvantage of subjective results, which can be minimized by automated digital analysis. OBJECTIVES: Development and validation of digital analysis method for silver stained comet assays. METHODS: Fifty comets were photographed in a standardized way and printed on paper. Before and after being automatically preprocessed by ImageJ 1.38x software, the images were manually measured and classified into five categories by three evaluators. Their estimates were compared as to their correlation and reproducibility. Afterwards, an algorithm for automated digital analysis of the comet measurements was developed based on statistical filters of median and minimum. These results were compared with those manually and visually estimated after preprocessing. RESULTS: Manual measurements of preprocessed images showed higher intraclass correlation than the original ones. Automated results had high correlation with the pre-processed manual measurements, suggesting that this system increases objectivity and can be used in the estimation of comet parameters. CONCLUSIONS: Digital analysis of silver stained comet assay proved to be feasible and better reproducible than the visual analysis.

Microdissecção e captura a laser na investigação do gene TP53 em tecidos incluídos em parafina / Laser-capture microdissection for TP53 gene analysis in paraffin-embedded tissues

INTRODUÇÃO: Microdissecção e captura a laser (MCL) é uma técnica de desenvolvimento recente que permite a coleta de células individuais ou pequeno conjunto de células para análise molecular. Atualmente, no Brasil, há raros microscópios para MCL, de modo que a divulgação dos procedimentos inerentes a essa técnica é oportuna para destacar seu amplo potencial para diagnóstico e investigação. OBJETIVO: Este trabalho descreve a padronização dos procedimentos de MCL e de extração de DNA de material fixado em formalina e incluído em parafina. MATERIAL E MÉTODOS: Foram estudados o éxon 8 do gene TP53 e o gene da ciclofilina em amostras de tecido normal e de neoplasias de fígado e rim provenientes de modelo de carcinogênese química induzida em rato. A extração do DNA foi comprovada por reação em cadeia da polimerase (nested-PCR). RESULTADOS: Foram padronizados os procedimentos de preparo dos cortes histológicos, de microdissecção e captura a laser e de obtenção de seqüências gênicas pela reação de nested-PCR para tecidos incluídos em parafina. Obtivemos amplificação de 48,3 por cento das amostras para o éxon 8 do gene TP53 e 51,7 por cento para o gene da ciclofilina. Considerando pelo menos um dos dois segmentos gênicos, foram amplificadas 79,3 por cento das amostras. DISCUSSÃO E CONCLUSÃO: A extração de DNA de tecidos fixados em formalina e incluídos em parafina e a técnica de nested-PCR foram adequadamente padronizadas para produtos gênicos de interesse, obtidos de material coletado por MCL. Esses procedimentos podem ser úteis para a obtenção de seqüências de DNA de arquivos para análise molecular.

BACKGORUND: Laser-capture micro-dissection (LCM) is a recently developed procedure that provides single cells or specific cell groups for molecular analysis. Currently, there are few LCM systems in Brazil, in such a way that it is necessary to disseminate the technical procedures inherent to the methodology, and also to characterize its enormous potential for diagnosis and research. OBJECTIVE: This study describes the standardization of LCM and DNA extraction from formalin fixed and paraffin-embedded tissues. MATERIAL AND METHOD: The gene TP53 exon 8 and the cyclophilin gene were studied in normal and neoplastic liver and kidney samples from a chemical carcinogenesis model in rat. DNA extraction was confirmed by nested-PCR. RESULTS: Histological sections preparation for LCM and the nested-PCR procedures were standardized; 48.3 percent amplifications of the gene TP53 exon 8 and 51.7 percent of the cyclophilin gene samples were obtained. When at least one of the gene segments was considered, 79.3 percent samples presented amplification. DISCUSSION AND CONCLUSION: Procedures for DNA extraction from formalin fixed and paraffin-embedded tissues collected by LCM were standardized. They can be useful for DNA collection for molecular studies.

No mutations found in exons of TP53, H-RAS and K-RAS genes in liver of male Wistar rats submitted to a medium-term chemical carcinogenesis assay

The standart protocol to evaluate the carcionogenic potencial of chemicals is the long-term bioassay in rodents, not performed in developing countries due to its high cost and complex operational procedures. Our laboratory has established an alternative an alternative medium-term bioassay in Wistar rats, also DMBDD assay, based on the paradigm iniation/promotion of chemical carcinogenesis. This method was accepted by the Brazilian Environment Agency (IBAMA) as an official source of evidence of carcinogenity. The aim of this study was to evaluate alterations in exons 5 to 8 of the tumor suppressor gene TP53 and exons 1 and 2 of oncogenes K-RAS and H-RAS in preneoplastic hepatic lesions observed in DMBDD assay. The characterization of these alterations may contribute to the recognition of patterns of damage in critical genes, as well as to suggest mechanisms of action of the compounds tested in the protocol. Sixty male wistar rats were separeted into3 groups? the first was treated with no chemicals; the second received five initiaing agents and the third received initiation followed by phenobarbital. Liver DNA samples (obtained from formalin-fixed and parafin-fixed and paraffin-embedded tissues after histological analysis) were evaluated by the non-isotopic PCR-SSCP technique. No changes in any analyzed exons were detected by the PCR-SSCP banding pattern in all experimental groups. This suggests that liver in exons 5 to 8 of TP53 and exons 1 and 2 of H-RAS are not among the early molecular alterations occuring in the hepatic carcinogenesis process by the DMBDD protocol in male Wistar rats

O risco genético das terapias do câncer / The genetic risk of cancer therapy

O presente artigo descreve as conseqüências de algumas terapias utilizadas para o câncer sobre o material genético de pacientes com neoplasias. O objetivo é ressaltar a importância da avaliação da relação risco/benefício dos diferentes tratamentos utilizados para o câncer, e da continuidade de pesquisas para o desenvolvimento de novas formas de terapia e de novas drogas antineoplásicas. Faremos breve exposição sobre o processo de carcinogênese de múltiplas etapas, destacando o conceito geral de que o câncer é uma doença genética. São apresentados os efeitos mutagênicos das radiações ionizantes e de algumas classes de quimioterápicos sobre o material genético. Além dos efeitos deletérios desses agentes para o paciente, são também relatados efeitos nocivos para os indivíduos que manipulam ou que são responsáveis pela condução dos tratamentos. Abordaremos de modo geral, os danos genéticos induzidos por agentes antineoplásicos mutagênicos tanto para o paciente como para os indivíduos que os manipulam, predispondo-os ao desenvolvimento de um segundo tumor ou de um tumor primário, respectivamente.

Projeto UNI de Botucatu: o desafio da integraçäo entre universidade, serviços de saúde e comunidade / Project UNI - Botucatu, Brazil: teaching care integration

Implantaçäo do Projeto UNI em Botucatu que propöe a formaçäo de profissionais voltados para a realidade dos serviços de saúde, com vistas ao desenvolvimento integrado da área acadêmica, serviços de saúde e comunidade (MC)

Conteúdos de celulose, hemiceluloses e lignina no farelo de arroz fresco / Contents of cellulose, hemicelluloses and lignin in fresh rice bran

Este estudo foi realizado com o objetivo de se identificar o tipo e a quantidade de fibras presentes no farelo de arroz. Amostras em triplicata de farelo de arroz fresco, fornecido pela máquina de beneficiamento ARAWAL de Botucatu, foram analisadas pelos Métodos de Fibra Detergente ácido (FDA) e Fibra Detergente Neutro (FDN). As amostras analisadas apresentaram níveis elevados de FDN (27,4 por cento), predominando os conteúdos de hemiceluloses (17,3 por cento) e lignina (20,9 por cento). Por outro lado, o conteúdo de celulose (2,64 por cento) foi menor do que relatado na literatura. Os dados do presente estudo demonstram que o farelo de arroz possui alta concentraçäo de fibras, predominando as do tipo insolúvel como hemiceluloses e lignina, as quais atuam como protetoras no desenvolvimento de câncer de cólon.

A detecçäo de substâncias cancerígenas em estudos experimentais / The detection of carcinogens substances in experimental study

Atualmente, o método mais importante para a identificaçao de agentes químicos cancerígenos é o teste de longa duraçao in vivo, com roedores. No Brasil nao há condiçoes para a sua execuçao, devido à inexistência de especialistas e de infra-estrutura adequada. Em conseqüência, o país é dependente dos conhecimentos gerados no exterior sobre o risco que determinados compostos químicos impoem às populaçoes e ao meio ambiente. Por outro lado, as desvantagens inerentes ao protocolo deste teste, como a complexidade na execuçao, o tempo prolongado para obtençao das conclusoes e custo elevado, entre outras, levam à procura de alternativas mais convenientes. No presente trabalho sao apresentados dois testes in vivo para detecçao de cancerígenos químicos em ratos, que têm como vantagens o tempo de execuçao e o custo, menores que os do teste convencional. Os sistemas propostos têm só-o-fígado ou vários-órgaos-simultâneos como órgaos-alvo do eventual cancerígeno. Ambos os testes foram avaliados respectivamente com centenas e dezenas de substâncias químicas e reproduziram os resultados já obtidos em testes de longa duraçao, mostrando forte consistência biológica. Os autores destacam as vantagens de sua adoçao em países como o Brasil e propoem sua inclusao na seqüência de testes necessários para caracterizar um agente químico como cancerígeno.

Fatores nutricionais e da dieta que influenciam a carcinogênese experimental / Nutritional and diet factors influencing the experimental carcinogenesis

Apresentam-se os fatores nutricionais e da dieta alimentar que influenciam a carcinogênese nos animais experimentais. Conclui-se que deficiências ou excessos nutricionais podem predispor o organismo dos animais inferiores aos tóxicos ambientais, particularmente os carcinogenéticos